Tým byl založen v roce 1993 tehdy ještě pod názvem SK-EM ARKO Varnsdorf. Ještě v tomto roce začal hrát místní ligu ve fotbale a během čtyř let ji dokázal třikrát vyhrát. V roce 1997 se hráči dohodli, že tým bude plně věnovat sálovému fotbalu. Klub se přejmenoval dle hlavního sponzora na JK Trans Varnsdorf a byl přihlášen do okresní ligy. Po dvou letech postoupil do krajské Extraligy a hrál jí až do sezóny 2011/2012 kdy se stal mistrem Ústeckého kraje. Díky účasti na kvalifikaci a odstoupení Prachatic, jsme postoupili do Celostátní ligy . Největším úspěchem klubu je druhé místo ve finále Českého poháru 2004/2005 a 2021/2022. V srpnu 2018 se klub přejmenoval na nový název Futsal Varnsdorf. V roce 2022 postoupil do Celostátní ligy.